永吉縣地處長白山向松遼平原過渡的前緣，地形地貌為低山丘陵區(qū)，整體地勢是由東南向西北逐漸平緩，形成平原區(qū)—丘陵區(qū)—中低山地區(qū)，海拔高度依次遞減的地理景觀。海拔超過1000米山峰有7座，海拔在500米至1000米的有200余座。主要山峰有肇大雞、南大嶺、南樓山、大砬子等。最高點是位于永吉縣與樺甸市交界處的南樓山，主峰海拔高度1404.8米，是吉林地區(qū)第一高峰；最低處位于萬昌鎮(zhèn)境內(nèi)的吳家村，海拔高度186.9米，相對高差1217.9米。永吉縣氣候?qū)俦睖貛Т箨懶愿珊撅L(fēng)型氣候，特點是四季分明，春季干燥多大風(fēng)，夏季溫?zé)岫嘤辏锛緵鏊嗲绾锰鞖猓韭L寒冷。 

永吉縣水系屬黑龍江第二松花江中游水系，境內(nèi)現(xiàn)有流域面積20平方公里以上的河流39條，縣域河流總長度696.2公里。其中，飲馬河屬于二級河流，在永吉縣境內(nèi)長61.4公里；溫德河、岔路河和鰲龍河3條河屬于三級河流，總長142.1公里；四級河流8條174.00公里；五級河流27條318.7公里。永吉縣境內(nèi)有大型水庫1座，星星哨水庫；中型水庫3座，分別是朝陽水庫、碾子溝水庫和廟嶺水庫；小（一）型水庫12座，小（二）型水庫50座。漁業(yè)以淡水養(yǎng)殖為主，全縣可用于水產(chǎn)養(yǎng)殖的淡水面積222.9公頃。